Juan Pizarro Alonso (Trujillo, España, ca.1510 – Cuzco, Nueva Castilla (actual Perú), 1536) fue un conquistador español, uno de los hermanos de Francisco Pizarro. Participó en las primeras acciones de la conquista del imperio inca, hasta la defensa de Cuzco, sitiada por las tropas de Manco Inca. Allí resultó gravemente herido, cuando una piedra lo golpeó en la cabeza, muriendo poco después.
Historia de Juan Pizarro
El explorador Juan Pizarro era el hijo ilegítimo del capitán Gonzalo Pizarro y Rodríguez de Aguilar, llamado «El Largo» o «El Tuerto», y de María Alonso, su criada e hija de unos molineros de La Zarza, a unas cuatro o cinco leguas de Trujillo; hermano de padre y madre de Gonzalo Pizarro y hermano paterno de Francisco Pizarro y Hernando Pizarro.
A la historia de Juan Pizarro,nació alrededor de 1510, en Trujillo. Cuando su padre murió en 1522, reconoció a todos sus hijos ilegítimos, y lo menciona a él y a su hermano Gonzalo en su voluntad, confiando a su hijo legítimo, Hernando, para que los cuide y los trate como hermanos.
En 1529, el explorador Juan Pizarro regresó a su Trujillo natal, tras firmar la Capitulación de Toledo con la corona por la que fue nombrado Gobernador, Adelantado y Alcalde de Nueva Castilla, siendo recibido por sus familiares, incluidos sus hermanos Hernando, Juan y Gonzalo, quienes lo reconocieron como el primogénito de su padre, decidiendo sin dudarlo acompañarlo en su aventura en el nuevo continente (1530).
juan pizarro explorador 
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El explorador Juan Pizarro participó en las principales acciones de la conquista como la captura del Inca Atahualpa en Cajamarca en 1532, apoderándose de la infantería en esta acción. Estaba en la lista de la distribución del oro y la plata del rescate en Cajamarca.
Nombrado capitán por su hermano el Gobernador, participó en la fundación española de Cuzco el 23 de marzo de 1534, y fue nombrado Regidor en el primer Cabildo llamado. Mientras estaba en Cuzco, mantuvo prisioneros al monarca Manco Inca o Manco II, sometiéndolo a él y a su hermano Gonzalo a maltratos y humillaciones. Hernando Pizarro, después de ser nombrado Teniente Gobernador por su hermano el Marqués Francisco Pizarro, llegó a Cusco, y al enterarse de la situación del Inca, fue a visitarlo, a pedir más oro. Manco Inca prometió darle algunas estatuas de oro, pero con la condición de que fuera liberado para ir a buscarlas en un lugar secreto ubicado en Yucay. Hernando le creyó y lo liberó, lo que Manco Inca aprovechó para organizar su formidable rebelión. En la mañana del 6 de abril de 1536, los españoles fueron rodeados en Cusco por miles de guerreros incas.
Durante la rebelión, las huestes de Manco Inca tomaron la Fortaleza de Sacsayhuaman, desarrollando una de las batallas más sangrientas de la conquista. La lucha fue dura en ambos bandos, en el bando español destacaba la valentía de Juan Pizarro, acompañado por su hermano Gonzalo Pizarro y su primo Pedro Pizarro (que años más tarde se convirtió en cronista). En uno de los combates liderando un escuadrón a pie y a caballo, fue herido por una piedra en la cabeza y murió durante 14 días antes de morir. Fue enterrado en la Iglesia Mayor de Cuzco.
Pedro Pizarro comenta sobre Juan Pizarro, que fue medido, poco para hablar, valiente y espirituoso, y que era un mejor bebé que jinete.
Descendencia
El explorador Juan Pizarro no dejó hijos legítimos. Pero a la historia de Juan Pizarro,menciona a una niña nacida en Cusco en 1534, de la que dice no ser el padre y cuya madre, una coya, le dio servicios, por lo que le deja una cantidad de dinero para su matrimonio, por voluntad de su hermano Hernando.
Con Francisca Coya:
Francisca Pizarro Coya, hija de Juan Pizarro, fue enviada en 1549, junto con su primo Inés Pizarro Inquill, hija de Gonzalo Pizarro, a España por el gobernador interino Pedro de La Gasca, para ser educado lejos de las Indias y a la sombra del Pizarro de Trujillo. Se casó con Garcilópez Gonzáles, con descendencia.
En el archivo de las Indias hay un memorial fechado en 1614, que menciona a Cecilia Vásquez Pizarro, nieta del conquistador Juan Pizarro, especificando que Juan Pizarro tenía una niña llamada Francisca Pizarro Coya en una noble india llamada Francisca Coya, quien estaba bajo la tutela de su tío Gonzalo Pizarro; que, de adulta, se casó con Garcilópez Gonzáles, con quien tuvo hijos, entre los que se encontraba Cecilia Vásquez Pizarro.
